Kvarlevorna från de etniska nagafolken samlades in av brittiska tjänstemän under tidigt 1900-tal, då Indien stod under brittiskt kolonialt styre. Vissa av dem visades upp på det antropologiska museet så sent som 2020.
Efter en förfrågan från organisationen FNR, som verkar för att främja försoning och fred bland etniska grupper i nordöstra Indien, ska de nu lämnas tillbaka.
”De har varit hemifrån alltför länge”, säger museichefen Laura Van Broekhoven i ett uttalande.
På senare år har allt fler artefakter och mänskliga kvarlevor repatrierats från västerländska museer och institutioner. Många av lämningarna stals eller plundrades under kolonialtiden.