De 1 046 personerna färdades i sju båtar på väg från Gambia till Kanarieöarna innan de blev nödställda till sjöss, uppger organisationen på måndagen.
Båtarna stoppades sista veckan i augusti och passagerarna har förts till städerna Nouadhibou i Mauretanien samt Rosso och Dakar i Senegal.
De överlevande hade bland annat drabbats av extrem uttorkning, medvetslöshet, benfrakturer, extrem trötthet och hud-, mag- och luftvägsinfektioner, meddelar MSF, som har tillhandahållit akut medicinsk hjälp.
De flesta ombord var från Senegal och Gambia. Andra var bland annat från Mali, Guinea och Elfenbenskusten.