Redan på fredagskvällen började Anak Krakatau visa tecken på ökad aktivitet.
Klockan 03.53 lokal tid på söndagsmorgonen kom det första kraftiga utbrottet.
Bilder visar en lavafontän och aska som sprider sig från kratern.
Invånare i de drabbade områdena har rekommenderats att stanna inomhus, rapporterar AP.
Luftrum stängt
Vulkanen ligger i Sundasundet mellan öarna Java och Sumatra.
Under söndagen stängdes luftrummet kring flygplatserna Soekarno-Hatta och Halim Perdanakusuma i Jakarta, liksom kring ytterligare sex flygplatser, däribland Radin Inten II i Lampung, på grund av vulkanaskan.
Det har lett till att omkring 170 000 resenärer är strandsatta, rapporterar BBC.
Kronprinsessan på plats
På plats i Indonesien är Sveriges kronprinsessa Victoria, 49. Hon är på besök tillsammans med FN:s utvecklingsprogram.
Enligt kronprinsessans officiella schema ska hon stanna i landet fram till tisdag – för att sedan flyga till Oslo för kung Haralds begravning.
”Kronprinsessan är i Indonesien men planen är fortsatt att hon närvarar på begravningen i Oslo”, skriver kungahusets informationschef Margareta Thorgren i en kommentar till Aftonbladet.
Åtta år efter dödliga utbrottet
Inga dödsfall har rapporterats efter vulkanutbrottet. Inte heller har myndigheter utfärdat någon evakueringsorder.
2018 hade Anak Krakatau ett utbrott och delar av vulkanen kollapsade, vilket utlöste en dödlig tsunami.
Omkring 430 människor dog på Sumatra och Java.