Den franska mittfältaren hamnade mitt i centrum av Champions League-kvalet när det spårade ur fullständigt.
Guendouzi mottog glåpord och nidramsor från hemmaklacken och firade sedan rejält när Fenerbahce vann.
Medan Guendouzi försökte fira utbröt kaos. Saker kastades från läktaren och Lyons assisterande målvaktstränare Antonio Fereira konfronterade Guendouzi, varpå slagsmål bröt ut.
Missar halva gruppspelsfasen i Champions League
Nu har 27-åringen, som tidigare spelat för Lyon-rivalen Marseille, fått sitt straff.
Guendouzi straffas med 50 000 euro i böter, motsvarande 556 miljoner kronor, och stängs av i fyra matcher i Europa.
De kommer han att avtjäna i Champions Leagues ligafas då Fenerbahce tog sig dit för första gången sedan säsongen 2008/09.
Även den nyblivna lagkamraten Mason Greenwood stängs av i en match och får böta 30 000 euro.