Valmyndigheten har upptäckt fel vid registrering av förtidsröster, skriver de i ett pressmeddelande.
Under natten till fredagen stoppade de ett tekniskt fel som upptäcktes under torsdagen.
Enligt myndigheten har cirka 4 000 väljare antingen prickats av två gånger eller fått sina röster avprickade på en annan väljare.
– Händelsen är allvarlig och vi arbetar nu tillsammans med vår it-leverantör Skatteverket för att minimera konsekvenserna för valresultatet. Vi förstår att det kan finnas en oro hos den enskilda väljaren som har förtidsröstat. Vi arbetar på att identifiera så många som möjligt av de berörda väljarna. Analysarbetet görs med stor noggrannhet och behöver få ta lite tid, säger Anna Nyqvist, Valmyndighetens kanslichef, i ett uttalande.
Myndigheten skriver att det inte finns någon extern orsak eller påverkan.
De bedömer att de troligtvis kommer kunna identifiera en del av alla 4 000 väljare.
”Röster till väljare som inte identifieras kommer att underkännas”, skriver man.