Den oseedade ryske veteranen Jareb Chatjanov vann med 3–1 i set i andra omgången.
– Han kanske hade några fysiska besvär, säger Chatjanov i segerintervjun.
Auger-Aliassime, som varit i semifinal i US Open två gånger och som tidigare i år nått kvartsfinal i både Franska mästerskapen och Wimbledon, har nyligen haft ryggproblem. I matchen gjorde han 47 misstag.
Den 24-faldige grand slamvinnaren Novak Djokovic, fjärdeseedad i turneringen, åkte ut i första omgången.
Försteseedade tysken Alexander Zverev spelar sin match i andra omgången natten mot fredag.