The Athletics David Ornstein rapporterar att det rör sig om 125 miljoner pund, runt 1,6 miljarder kronor, vilket tangerar rekordsiffran för en Premier League-värvning som Liverpool stod för när man värvade en viss Alexander Isak förra sommaren.
Han skriver att City hade erbjudit 104 miljoner pund plus bonusar, men Chelsea krävde att hela övergångssumman skulle vara fast.
Hotade att dra sig ur
På måndagen angav Chelsea sedan ett pris på 135 miljoner pund men City hotade att dra sig ur. Till slut kompromissade man och landade på 125 miljoner pund och satte punkt för en utdragen följetong.
Den argentinske mittfältaren har spelat tre säsonger i Chelsea. Förra säsongen gjorde han tio mål och fyra assist på 36 Premier League-matcher.
”Ni kommer alltid finnas i mitt hjärta. Jag kommer alltid att önska er det bästa”, skriver han i ett tackmeddelande till Chelsea och klubbens supportrar.
Kontraktet sträcker sig över fem säsonger.
Rekord för hela ligan
City värvade även in Iliman Ndiaye från Everton under tisdagskvällen.
The Athletic har rapporterat att klubbarna är överens om en övergångssumma på totalt 65 miljoner pund, runt 840 miljoner kronor. Yttern har skrivit på ett femårskontrakt.
Därmed har City värvat Fernandez och Ndiaye för totalt 2,44 miljarder kronor under transferfönstrets sista dag.
Övergången betydde också att Premier League slår sitt transferrekord under ett transferfönster.
Med Ndiayes värvning kom klubbarna upp till 3,14 miljarder pund, runt 40 miljarder kronor, tillsammans. En summa som senare växte med de sista värvningarna för söndagen.
Chelsea trodde även att de hade sin ersättare klar.
Men Monaco drog sig ur affären i sista stund trots att klubbarna rapporterades vara överens – och Chelsea ska vara rosenrasande.