Gazas civila försvarsmyndighet, som lyder under terrorstämplade Hamas, samt representanter för sjukhuset Nasser, sade att de tre som dödades i al-Qarara tillhörde samma familj. Israelisk militär sade att man kontrollerar uppgifterna.
I attacken i närheten av staden Gaza dödades två personer i en drönarattack, enligt Gazas civila myndighet.
De senaste israeliska attackerna genomfördes trots att den av USA framförhandlade vapenvilan, som inleddes i oktober, fortfarande formellt råder. Israels premiärminister Benjamin Netanyahu säger att terrorhot från Hamas måste stoppas.