Attacken, som ägde rum tidigt på torsdagsmorgonen, var den andra på kort tid där ett 50-tal människor dödades.
Det är oklart vem som genomförde dådet, men ett ”beväpnat kriminellt nätverk” som är aktivt i flera delstater i norra delen av landet, pekas ut.
Liknande attacker har länge varit vanliga i landet och i fjol utlyste president Salvar Kiir ett halvårslångt undantagstillstånd efter uppblossat våld.