De regerande svenska mästarna höll i från bra mot de österrikiska jättarna redan hemma i Sölvesborg och jagade bara ett mål bakom inför returen i Salzburg.
Väl där började blev det svårt att stoppa blödningen, särskilt eftersom Karim Konaté vaknat pigg.
På sex minuter spräckte ivorianen matchens målnolla och utökade sedan ledningen till 2–0. Matchen slutade 3–0 (4–0 totalt) när Haris Tabakovic punkterade tillställningen med tio minuter kvar.
– Salzburg är det bättre laget. Mjällby får slicka såren i allsvenskan och i Conference League, som inte är fy skam. Ett Europaäventyr som kan ge truppen erfarenhet och klubben en ekonomisk skjuts, säger experten Siavoush Fallahi i Sportbladets sändning.
Rullades ut med bår
Kort därefter tog kvalkvällen en tråkig vänding för 24-åringen. Vid ett anfall avlossade Konaté ett ordentligt avslut och landade sedan illa.
Han föll till gräset och grimaserade. En stund senare kom sjukvårdarna in med en bår, på vilken han rullades ut.
Resultatet innebär att Salzburg går direkt till ligafasen i Europa League.
För Mjällbys del innebär det att man i stället går till ligafasen i Conference League. Lottningen sker i morgon, fredag. Ligafasen inleds sedan den 15 oktober.