Bodø/Glimt vann returen på hemmaplan med 3–0 och gick vidare med sammanlagt 6–1.
NEC Nijmegen fick en mardrömsstart då målvakten Gonzalo Crettaz fick rött kort redan i tredje minuten sedan han tagit bollen med handen utanför straffområdet.
Hemmalaget slog till två gånger på tilläggstid i första halvlek (Fredrik André Bjørkan och Sondre Auklend). I andra halvlek kom 3–0 efter ett självmål.
Bodø/Glimt tog sig ända till åttondelsfinal i Champions League förra säsongen sedan laget slagit jättar som Manchester City och Atletico Madrid i ligafasen och Inter i 16-delsfinal.
Ligafasen i årets CL lottas på torsdag.