Bodö/Glimt hade redan med sig 3-1 från bortamötet.
Och de blev aldrig oroade på hemmaplan.
Efter tre minuter gick Bodös Ole Blomberg i djupet. Men när han höll på att få ett friläge kom Nijmegens målvakt Gonzalo Crettaz ut och tog bollen med handen utanför straffområdet.
Domaren Michael Oliver tog upp det röda kortet bara minuter in i matchen.
– Det är ett helt öppet läge. Det är inte mycket mer och göra än att ta fram kortet. Det är ett underligt beslut av Crettaz. Det är som att han reflexmässigt tar den, säger Viasats kommentator Andreas Bjuhr.
Med en man mindre på plan hade holländarna inte en chans. Bodö körde över sina motståndare och är klart för Champions Leagues ligafas för andra året i rad.
Spelade fel låt
Matchen inleddes förvisso med att Europa League-hymnen spelades i stället för Champions Leagues version. Men spelarna på planen hade i alla fall koll.
Efter att det var spel mot ett mål skickade Fredrik Björkan och Sondre Aukeland in varsitt mål för norrmännen.
Bodö gjorde även 3–0 på självmål. Totalt segrade man med 6–1 över de båda matcherna.
Fler lag vidare
I övriga kvalmatcher tog sig även azeriska Sabah vidare efter en förläningsrysare mot israeliska laget Hapoel Be’er Sheva.
Även mellan Celtic och Lask blev det drama. De österrikarna vände ett 4–0-underläge till kvittering på stopptid och förlängning. Matchen pågår fortfarande.
Lottningen till ligafasen hålls på torsdag. Tävlingen drar i gång 8 september.