Israeliska styrkor började ta kontroll över och avhysa personer från byggnaden, belägen i närheten av flyktinglägret Qalandia, under tisdagen.
”Generalsekreteraren är mycket oroad över denna utveckling, då detta kommer att frånta unga människor den yrkesutbildning de fått”, säger Guterres talesperson Stéphane Dujarric i ett uttalande.
Utbildningscentret upprättades 1952 och erbjuder årligen yrkesutbildning för omkring 340 palestinier från ockuperade Västbanken.
Israel har från och med i januari i fjol förbjudit FN-organet från att verka på israeliskt territorium.