Tuaregerna, som stundtals samarbetar med islamistiska extremiströrelser, tog ett stort antal Malisoldater till fånga i angrepp i april och juli.
Styret i Bamako har bekämpat rebeller och separatiströrelser på flera fronter det senaste decenniet, men vårens angrepp mot regeringssoldater var omfattande och koordinerade.
Sedan mitten av augusti har därmed närmare 100 Malisoldater släppts, enligt Bamako. Tuaregernas separatiströrelse FLA bekräftade frisläppandet på söndagen men angav inget antal.