Beskedet om arresteringsordern kom från Turkiets justitieminister Akin Gurlek på X. Turkiet utreder Israels insatser för att stoppa de fartyg med civila som försökte nå befolkningen i krigsdrabbade Gaza.
Fartygen transporterade bland annat modersmjölksersättning, mat och medicinska förnödenheter.
Turkiet har sedan tidigare utfärdat arresteringsorder för Netanyahu och ytterligare ledande israeliska personer i samband med kriget mellan Israel och terrorstämplade Hamas i Gaza. Turkiet utreder om folkmord har begåtts i Israel.