Skjutningen skedde på en skola i Zamboanga City, i landets södra delar, uppger den lokala borgmästaren.
Gärningspersonen ska ha burit en kroppskamera för att direktsända dådet. Förutom den dödade eleven ska även en lärare beskjutits, det är dock oklart om skotten träffade.
Skjutningen är den andra i landet den här sommaren. I juni dödades minst tre personer i en skolskjutning i Tacloban City i Leyteprovinsen.