Olyckan skedde under natten mot söndagen längs med motorvägen M3, i närheten av staden Mezökeresztes.
Den polskregistrerade bussen hade 57 passagerare och två chaufförer ombord och var på väg från Serbien till Polen, uppger polisen.
Utöver de tolv döda är minst tio personer allvarligt skadade, skriver Ungerns premiärminister Péter Magyar i ett uttalande på sociala medier, där han framför sina kondoleanser till offrens anhöriga.
Olyckan är den värsta trafikolyckan i Ungern sedan 2003, då en tysk turistbuss krockade med ett tåg i Siófok och 33 personer omkom, skriver AFP.