29-åringen klarade såväl 1,83 som 1,88 i första försöket, men på 1,92 tog det stopp.
– Det var otroligt kallt i dag. Jag känner mig besviken just nu, men samtidigt när jag tittar tillbaka på det här året så skulle det kännas taskigt mot mig själv om jag inte känner stolthet ändå med tanke på de stora kliv jag har tagit, säger Ekman.
EM-guldet gick till Jaroslava Mahutjich från Ukraina som klarade 1,97.