Videor på sociala medier visar att en glasruta på en av bussarna har gått sönder.
IFK Göteborgs säkerhetschef Jonas Arlmark bekräftar händelsen.
– Vi har nåtts av informationen att de blåvita bussarna har utsatts för stenkastning och tycker att det är långt över gränsen för vad som är acceptabelt. Alla ska känna sig säkra i samband med fotbollsmatcher, på arenan och utanför, säger Jonas Arlmark, säkerhetschef i IFK Göteborg.
Klubben arbetar nu tillsammans med lokal polis, svensk polis och KAA Gent, som också fördömer det inträffade.
– Det är extra tråkigt när vi vet att våra tillresta supportrar har stått för en positiv stämning under dagarna i Belgien, fortsätter Arlmark.
Runt 800 Blåvittsupportrar har tagit sig till Belgien för att följa Conference League-mötet mellan Gent och IFK Göteborg på plats.
Matchen börjar 20.30 och Gent har med sig 1–0 från det första mötet.