Den Bostonbaserade domstolen anser inte att Trumpstyret kunnat bevisa att Harvard ägnat sig åt diskriminering utifrån etnicitet, nationalitet eller andra grunder.
När stämningen lämnades in i mars kom USA:s justitiedepartement med anklagelser om att lärosätet misslyckats med att skydda israeliska och judiska studenters medborgerliga rättigheter i samband med pro-palestinska proteser på campus.
De rättsliga turerna är ett led i Trumps fejd med Harvard, och bottnar i att universitetet vägrat acceptera krav på exempelvis statlig tillsyn av antagningar, anställningsmetoder och politisk inriktning. Även andra lärosäten är i skottluggen.