Röstsiffrorna blev 176 mot 171. S, V, MP och C röstade mot propositionen.
Propositionen innebär förutom minskad mängdrabatt, även färre förmildrande omständigheter när straffet utmäts, samt att domstolarna oftare ska utmäta straff högre upp i brottets straffskala än vad som görs i dag.
Något datum för ikraftträdande finns inte. Beslutet innebär att regeringen får riksdagens mandat att besluta det själv, när Kriminalvården anses ha tillräcklig kapacitet.
Tidöpartierna har lovat att låta ändringen av mängdrabatten träda i kraft i slutet av nästa mandatperiod, om de vinner valet.
Regeringen bedömer att förslagen i den samlade propositionen sammantaget medför ökade kostnader för Kriminalvården på omkring 38,6 miljarder kronor per år när reformen fått full effekt.
Av den summan står minskningen av mängdrabatten för 12,3 miljarder kronor.
Regeringen bedömer också att lagändringen i de allra flesta fallen leder till att strafftiden blir mellan 50 och 75 procent längre än vad de blir i dag vid flerfaldig brottslighet.
Lagändringen innebär att domstolarna ska ha det sammanlagda straffvärdet för de tre allvarligaste brotten som utgångspunkt när ett straff fastställs.