Med drygt hundra meter kvar föll 22-åringen till marken.
Werro föll i ena kurvan och slutade sist i loppet på 2.35,35. I samma situation lyckades hon fälla Litauens Gabija Galvydyte.
– Jag vet inte vad som hände. Jag sprang bara och sekunden efter var jag på marken. Det var viktigt för mig att slutföra loppet, för jag kanske kan ta mig till finalen, sa Werro till SVT efter loppet.
Några värre skador ska hon inte ha råkat ut för.
– Jag har lite skrapsår, men jag mår fint, säger hon.
Vann heatet gjorde brittiskan Jemma Reekie på 1.58,61.
– Jag märkte att någon hade fallit men såg inte vem det var förrän jag var i mål, säger Reekie.
Tillåts tävla vidare
När det andra heatet sprungits stod det klart att Werros tid blev den sämsta av alla i semifinalerna.
Men hon lämnade in en protest och efter videogranskning från domarteamet kom beslutet att både hon och Galvydyte tillåts tävla vidare – vilket innebär att finalen kommer bestå av totalt tio löpare.
Inför EM har fredagskvällens 800-metersfinal varit en av mästerskapets höjdpunkter. Detta eftersom det väntats en superduell mellan Werro, hemmahoppet Keely Hogdkinson och nederländskan Femke Bol.
Tidigare i år slog Werro till med världens tredje bästa tid någonsin på distansen när hon vann Diamond League-loppet på Stockholms Stadion.