Drunkningslarmet vid en badplats i Hökarängen kom vid 15.30-tiden på onsdagen.
Mannen fördes till sjukhus med ambulanshelikopter enligt Mitt i Stockholm, men fyra timmar senare meddelade polisen att han hade avlidit.
Inget brott misstänks.
– Det är en tragisk olycka, säger polisens presstalesperson Robert Sennerdal till TT.