Det brasilianska laget skulle ta sig till flygplatsen i bolivianska Santa Cruz de La Sierra för att resa vidare till en bortamatch.
Men bussen med klubbens logga byttes ut mot en annan – utan att klubben fick veta varför.
Det var först efteråt man fick veta att anledningen var att polisen stoppat deras tilltänkta buss och hittat 86,5 kilo marijuana ombord, skriver Globo.
Reste till Bolivia
Bussen anlände från staden Cochabamba, en rutt den trafikerar till vardags. Det var då polisen hittade fyra stora säckar med block som tegelstenar av marijuana.
Planen var att fordonet skulle ta laget från deras hotell till flygplatsen där de skulle flyga vidare till La Paz . Där möter de Bolivar i Copa Sudamericana natten till onsdag, svensk tid.
Bussen var inhyrd endast för tillfället då São Paulo laddade upp på annan ort i Bolivia för att undvika effekterna av att vistas på 3 650 meters höjd i den bolivianska huvudstaden.
För det ska man ha fått en varning för förbundet Conmebol.
Fick veta på nyheterna
Lagets tidsplan ska inte ha påverkats av polisens fynd då företaget man hyrde av snabbt skickade en ny buss.
São Paulo fick först veta om beslagtagandet via de lokala nyhetsrapporter innan man fick mer information.
Föraren blev gripen och förhördes av polisen. Boliviansk polis har även startat en utredning för att lista ut var marijuanan kommer i från.