Det kraftiga regnet väntas börja sent på tisdagen, när fukt från tyfonen Dolphin i söder möter kall luft över norra Kina.
Vissa distrikt i staden väntas få mer än 200 millimeter regn på ett dygn. Det kan jämföras med att den genomsnittliga nederbörden per år i Peking är 528 millimeter, där merparten faller mellan juni och september.
Dolphin är den kraftigaste tyfonen som drabbat Kina i år, enligt nyhetsbyrån Reuters. Flera tusen flygningar och hundratals färjeavgångar har ställts in.
I det bergiga Mentougou-distriktet i västra Peking har myndigheterna på tisdagen proklamerat den högsta nivån av översvämningsberedskap, och invånarna uppmanas att hålla sig inomhus.