Varningen gäller kommunerna Luleå, Älvsbyn, Boden, Kalix och Överkalix i östra Norrbottens län. Varningen har förlängts och gäller i nuläget fram till klockan 15 på lördagen.
Lokalt kan det komma mellan 70 och 100 millimeter regn.
Boende i de berörda områdena rekommenderas att täta sina källare eller flytta föremål som riskerar att skadas av vatten, skriver SMHI på sin sajt. Därtill bör vattenvägar som hängrännor och dagvattenbrunnar rensas så att vatten kan rinna bort.
Det finns även risk för översvämning av vägar och viadukter. Trafikanter uppmanas undvika att köra genom vattensamlingarna.