Myndigheterna på Jakartas internationella flygplats Soekarno-Hatta grep den 39-årige piloten förra månaden, kort efter att han anlänt från Kuala Lumpur. Han misstänks ha försökt smuggla in över 70 000 ecstasytabletter i sin resväska.
Den gripne piloten riskerar dödsstraff om han fälls i Indonesien. Enligt indonesiska tullmyndigheter visade hans urinprov positivt för metamfetamin, MDMA och kokain.
Malaysia Aviation Group har uppgett att det inte var han som flög planet från Kuala Lumpur den aktuella dagen, utan att han befann sig i cockpit som observatör och hade varit ledig i två dagar före händelsen.