Det meddelade presidenten i dekret på måndagen, som kommer efter en ommöblering i den ukrainska ledningen.
Samtidigt säger Stefanisjyna i ett inlägg på Facebook att beslutet att avgå var hennes eget och ”beror på personliga omständigheter”.
Hon säger också att posten i Washington varit den ”största äran” i hennes liv.
Olha Stefanisjyna, som tidigare varit vice premiärminister och justitieminister, utnämndes till USA-ambassadör i augusti förra året.