Den 43-årige engelsmannen har lett laget i fem säsonger.
Under hans tid i klubben har Manchester United vunnit FA-cupen och kvalificerat sig för Champions League för första gången.
Samtidigt har man blivit lite av en svenskklubb. I laget spelar Fridolina Rolfö, Ellen Wangerheim, Julia Zigiotti Olme och Anna Sandberg.
Men nu är Skinners sejour över.
Uttryckt oro
Enligt BBC har tränaren ha uttryckt oro över bristen på investeringar i truppen. Klubben ska ha ändrat sin rekryteringsstrategi, och fokuserar nu på att värva yngre spelare.
Beskedet kommer med en månad till premiären i Women's Super League.
Manchester United inleder säsongen mot Kosovare Asllanis London City Lionesses den 4 september.