De gripna personerna utreds för bland annat mordförsök, mordbrand och skadegörelse, enligt nyhetsbyrån Efe. Brotten kopplas till sammandrabbningar med säkerhetsstyrkor nära gränsen, på den marockanska sidan.
Det spanska inrikesdepartementet har tidigare uppgett att cirka 50 000 människor tog sig över från Marocko till spanska Ceuta de senaste dagarna. Sent på fredagen hade ungefär 48 000 av dem återvänt till Marocko.
Minst 57 personer har mist sina liv i samband med händelsen, de flesta uppges ha drunknat när de försökt simma runt en vågbrytare vid gränsen.
Under kvällen samlades hundratals demonstranter utanför Marockos ambassad i Madrid, i protest mot gränsforceringen. Enligt nyhetsbyrån AFP höll flera av demonstranterna upp banderoller och flaggor med budskap kopplade till högerextrema grupper i landet.