”Vi tar starkt avstånd från skadegörelsen och vill rikta en ursäkt till FCI Levadia Tallinn”, skriver klubben på sin webbplats.
Bilder som Estlands fotbollsförbund lagt ut visar vandalisering av bland annat toaletter.
IFK Göteborg skriver att om klubben får böter eller andra kostnader ”kommer föreningen att rikta skadeståndskrav mot de personer som har orsakat dessa”.
Man skriver också att händelsen kan påverka lagets supportrar vid kommande Europamatcher.
IFK Göteborg vann dubbelmötet i Conference League med 4–3 och är vidare till tredje kvalomgången där man ställs mot Gent.