Det var på vägen upp till Alpe d’Huez i tourens 19:e etapp som krocken inträffade.
En följebil bromsade plötsligt in och Einer Rubio cyklade med hög fart in i bilens bakruta som krossades i krocken.
Rubio ska ha fått skärsår i ansiktet och fördes till sjukhus med ambulans. Hans stall Movistar meddelade senare att colombianen tvingas bryta touren.
– Det såg inte alls bra ut. Jag undrar om han slog sönder rutan med ansiktet. Jag hoppas att han mår bra, sade den norske åkaren Tobias Halland Johannessen som såg kraschen.
Etappen vanns av slovenen Tadej Pogacar som också leder touren totalt. På söndag avslutas touren med målgång i Paris.