Tempolopp i Évian-les-Bains stod på schemat för cyklisterna i Frankrike.
28-åringen, som tillhör laget UAE Team Emirates XRG gav sig ut i tid för att inspektera banan. Men på väg tillbaka mot startlinjen var olyckan framme.
Lagkamraten till världsstjärnan Tadej Pogačar blev påkörd av en bil.
– Han var ute och cyklade med en bil bakom sig. En vanlig bil, vi vet inte vilka de är. När han (McNulty) körde om stannade bilen plötsligt, och Brandon kunde inte undvika att cykla in i den, säger UAE:s stallchef Mauro Gianetti till The Athletic.
Det var länge osäkert om McNulty skulle komma till start i etappen på grund av skadorna han ådragit sig.
Amerikanen var dock med på startlinjen till slut efter att Gianetti uppgett för TNT att han inte hade några allvarliga skador.
Loppet pågår.