Messi hade hoppats på andra raka VM-guldet med sitt Argentina. Men i stället slutade finalen med 0–1-förlust efter att Ferran Torres avgjorde för Spanien.
På Instagram skriver Messi att han känner en enorm smärta.
”Det kommer ta lång tid innan det går att läka det här såret. Men jag väljer att fokusera på det positiva. De matcherna vi vände från underläge kommer alltid att finnas där. Stödet från ett helt land. Tillsammans kunde vi återigen vara bland världens bästa nationer”, skriver anfallaren.
Messi, som noterades för åtta mål i VM, gratulerar även Spanien till guldet.
Tidigare sade Messi att årets världsmästerskap blir hans sista. 39-åringen har i nuläget inte gett något besked om fortsatt spel i landslaget.