Landets myndighet för katastrofbekämpning uppger att ytterligare över 100 personer saknas, främst i provinsen Nuristans huvudstad Parun.
Bland dem som saknas finns stadens borgmästare.
Enligt en hjälporganisation i staden har översvämningarna ”helt förstört” stora delar av orten där många hus enligt nyhetsbyrån AFP är byggda mycket nära den flod som rinner genom samhället.