Publiken på omkring 80 000 personer fick evakueras från San Siro-arenan, och flera personer uppges också ha skadats i huvudet av hagel stora som valnötter.
Konserten avbröts och det är ännu oklart om den kommer att genomföras på nytt, och i så fall när.
Lördagens spelning var Bad Bunnys andra i rad i Milano.
Förra helgen gav den puertoricanske världsstjärnan två konserter på Strawberry arena i Solna norr om Stockholm.