I provinsen Ituri där utbrottet har sitt epicentrum försvåras arbetet mot smittan av oro över säkerheten, larmar myndigheterna.
Många attacker utförs av arga folkmassor som stormat vårdinrättningar och gett sig på vårdarbetare ute på fältet, enligt Pierre Akilimali, incidentansvarig för ebolainsatsen.
I Ituri har vårdpersonal lämnat samhällen på landsbygden. Detta sedan protester brutit ut bland invånarna efter att en kvinna avled på ett lokalt sjukhus i onsdags.
Dessutom har många vårdarbetare och andra som hjälpt till i frontlinjen gått i strejk på grund av en konflikt över löner.
Hittills har 864 dödsfall i ebola bekräftats i landet, och 2 181 är smittade.