Efter 39 chansfattiga minuter bröt Malmö dödläget.
Miljana Ivanovic tog emot bollen med ryggen mot mål i straffområdet, vände upp och placerade in 1–0 bakom hemmalagets Anna Aurora Koivunen.
Målet var hennes tredje för säsongen.
– Det känns fantastiskt, som anfallare vill du alltid göra mål. Jag kanske borde ha gjort ett till men jag kan acceptera det när vi vinner, säger matchhjälten.
Klättrar i tabellen
Målet blev matchens enda.
Segern innebär att Malmö kliver upp på tredjeplats, före AIK tack vare bättre målskillnad.
AIK förlorade samtidigt derbyt borta mot Hammarby med 4-1.
– Vi vill inte ha tredjeplatsen, vi alla är här för något större. Vi har tyvärr sovit lite den här säsongen men jag hoppas att turen kommer vända för oss och att vi börjar vinna de stora matcherna.
Bröt den svaga sviten
Inför matchen hade Malmö bara vunnit en av sina fem senaste matcher.
Malmö hittade därmed tillbaka till vinnarspåret.
– Det är en stor anledning till att segern i dag känns extra viktig, det är lite av en lättnad. Det handlar också om sättet vi gör det på, det kommer ned till vad fotboll handlar om vilket är att kampa och springa mycket, säger bortalagets Zecira Musovic.