Merz sa på en presskonferens med Macron att ”en strategisk styrgrupp” ska överväga hur länderna kan öka avskräckningsförmågan i framtiden.
Enligt förbundskanslern ska tyska styrkor delta i den franska kärnvapenövningen som ”ett komplement” till Natos kärnvapenpolicy.
Merz sa också att han skulle ”sträcka ut en hand” oavsett vem som blev president i nästa års franska presidentval.
Samtidigt sa Macron att opinionsundersökningar som pekar på seger för ytterhögerpolitikern Marine Le Pen ska tas med en nypa salt.
”Var försiktig med opinionsundersökningar. Lita på det franska folket, förutspå inte hela tiden det värsta för dem”, sa han på presskonferensen utanför Köln.