Merz sade på en presskonferens med Macron att ”en strategisk styrgrupp” ska överväga hur länderna kan öka avskräckningsförmågan i framtiden.
Enligt förbundskanslern ska tyska styrkor delta i den franska kärnvapenövningen som ”ett komplement” till Natos kärnvapenpolicy.
Merz sade också att han skulle ”sträcka ut en hand” oavsett vem som blev president i nästa års franska presidentval.
Samtidigt sade Macron att opinionsundersökningar som pekar på seger för ytterhögerpolitikern Marine Le Pen ska tas med en nypa salt.
– Var försiktig med opinionsundersökningar. Lita på det franska folket, förutspå inte hela tiden det värsta för dem, sade han på presskonferensen utanför Köln.