Klockan hade tickat in över en dryg minut i första rundan när McGregor försökte sig på fajtens första spark, och misslyckades.
37-åringen tog sig för knät och vinkade direkt på att det var omöjligt att fortsätta.
Fajten varade i totalt 69 sekunder innan Holloway vann på teknisk knock-out.
Hela arenan buade.
– Vilket odjur. När vi var här inne försökte jag ställa in matchen, och han fortsatte att be om att få fortsätta matchen. Men ni har tur, för det kommer att bli en Holloway mot McGregor 3 nu. Nu ska vi få in de här jävla pengarna grabbar! ropar Holloway till publiken i ESPN:s sändning.
Dömd för våldtäkt
McGregor skadade sitt knä för 13 år sedan i sin första fajt mot Holloway. 2021 lämnade irländaren fajtingscenen och har sedan dess gjort sig väldigt kontroversiell.
Han har bland annat anklagats för flera sexuella övergrepp och dömdes 2024 för våldtäkt.
Samma år väntades han göra comeback, men drog sig ur. Söndagsmorgonens huvudnummer på UFC 329-galan blev ett nytt antiklimax för MMA-stjärnan.