Neuer ville i stället att hans backup i Bayern München, Jonas Urbig, skulle ges platsen som tredjemålvakt i landslaget, det skriver tyska Ran.
Men som syntes i den tyska VM-truppen fick målvaktsstjärnan inte sin vilja igenom.
I stället ska 40-åringen ha gått med på att låta Nübel vara kvar eftersom Urbig redan var tänkt som första reserv ifall någon av de andra målvakterna skulle tvingas lämna VM.
Tvingades på lån
Relationen mellan Neuer och Nübel har länge varit frostig. Exakt varför de hamnat i klinch med varandra är oklart.
Vad som däremot är säkert är att 29-åringen värvades till Bayern München 2020 som en möjlig efterträdare till Neuer. Det ska däremot målvaktsstjärnan inte ha tyckt om och det hela slutade med att Nübel lånades ut till AS Monaco.
– Neuer och Nübel kom inte överens, och Manuel gav inte upp några matcher. Det är därför det var otillfredsställande för Alex, förklarade klubbens tidigare sportchef Hasan Salihamidzic i fjol i en intervju med Sport1.
Övervägde att lämna
40-åringens återkomst till landslaget ska dessutom ha fått Tysklands målvaktstränare Andreas Kronenberg att överväga att lämna sitt uppdrag.
Detta eftersom han ansett att förbundskaptenen Julian Nagelsmann inte involverat honom i beslutet.
Tyskland åkte ur VM i åttondelsfinal efter att de förlorat på straffar mot Paraguay.