Medborgare från en rad länder, däribland Ghana, Nigeria, Uganda och Zimbabwe, har flytt från Sydafrika sedan slutet av maj, efter att extremistgrupper skärpt tonen mot papperslösa migranter och krävt att de lämnar landet.
Omkring 60 000 migranter har lämnat Sydafrika sedan i början av juni, uppger Sydafrikas gränsmyndighet.
Mer än hälften av dem är malawier, följt av zimbabwier, ugandier, moçambikier och kenyaner.
Malawis katastrofmyndighet uppger att sex personer dog av sjukdom under den långa och farliga hemfärden.
”De jagades och flyttade från plats till plats och kunde inte få tillgång till sina mediciner och sjukhusvård”, berättar myndighetens kommissarie Wilson Moleni för AFP.