Zeno Debast kom skadad till VM och missade både gruppspelet som sextondelsfinalen på grund av en lårskada.
I åttondelsfinalen gjorde 22-åringen comeback när han satt på bänken under Belgiens seger mot USA.
Nu försvinner försvararen ut ur truppen igen.
”Hans klubb, Sporting Lissabon, har meddelat spelaren att de inte anser honom vara medicinskt lämpad för matchspel”, skriver Belgiens fotbollsförbund i ett uttalande enligt The Athletic.
Landslaget har en helt annan bild av skadeläget än den portugisiska storklubben.
”Denna bedömning skiljer sig från den som gjorts av vårt medicinska team samt Fifas medicinska team och försäkringsinsatser”, skriver förbundet vidare.
Zeno Debast ska tränar på egen hand i väntan på ett nytt besked inför en eventuell semifinal. Belgiens möte med Spanien startar 21.00 svensk tid.