Bland de döda finns sex fängelsevakter, men merparten av offren är intagna.
Enligt lokal polis bröt de våldsamma sammandrabbningarna ut natten till måndagen, då mellan interner från två rivaliserande knarkgäng.
– Det finns offer med skottskador. Vissa har skärskador, vissa är svårt blåslagna, säger sjukhuschefen Pushpa Gamlath.
I samband med våldsamheterna tog sig kvinnliga interner upp på ett tak och krävde att friges. Då kollapsade delar av taket och flera av kvinnorna skadades.
Justitieminister Harshana Nanayakkara säger sig vara ”djupt chockad och sorgsen”. Det är det dödligaste fängelseupproret i Sri Lanka på flera år, uppger myndigheter.