Tusentals deltar i böner under begravningsceremonins andra dag.
Mojtaba Khamenei har inte visat sig offentligt efter den dödliga attacken vid krigets början i slutet av februari. Han kan ha skadats i samma attack, men det är i så fall inte känt hur svåra skador han har ådragit sig.
Under söndagen flyttas Khameneis kista från den scen där den har kunnat beskådas sedan lördagen, för att föras i procession genom huvudstaden på måndagen.
Tv-sändningar visar att president Masoud Pezeshkian har deltagit i ceremonin tillsammans med andra dignitärer, bland andra Irans chefsförhandlare Mohammad Bagher Ghalibaf.