I den 71:a minuten agerade Murat Yakin.
Då bytte den schweiziske förbundskaptenen in Djibril Sow, Ruben Vargas och Johan Manzambi – och tre minuter senare klev de två sistnämnda in i offensivt straffområde.
Vargas inlägg från vänster landade via bosnisk försvarare hos Manzambi – som tryckte in matchens första mål på volley.
”Man sitter och njuter som tränare”
Därifrån blev det värre för bosnierna.
Med tio ordinarie minuter drog Tarik Muharemovic på sig en målchansutvisning – och då fyllde inhopparna på sina poängkonton.
Ruben Vargas gjorde 2–0 och Manzambi – framspelad av Vargas – punkterade definitivt det hela med sitt andra och lagets tredje i den 90:e spelminuten.
– Det är ruggiga inhopp alltså. Man sitter bara och njuter som tränare när man får den effekten, säger Hasse Backe.
Dubbla mål på tilläggstid
Ermin Mahmic reducerade med ett volleymål, men Granit Xhaka fastställde segersiffrorna till 4–1 på straff med matchens sista spark.
Nu står Schweiz på fyra poäng efter två VM-matcher, medan Bosnien-Hercegovina är kvar på ett.
I sista gruppspelsomgången ställs lagen mot Kanada respektive Qatar.