I Kubschütz, som ligger i delstaten Sachsen, låg temperaturen på 29,4 grader under natten.
Därmed har det tidigare rekordet från 2003 slagits. Då uppmättes 27,2 grader nattetid på berget Weinbiet i delstaten Rheinland-Pfalz, skriver tyska medier.
Tyskland har de senaste dagarna slagit värmerekord även dagtid. I Drewitz i Sachsen-Anhalt nådde temperaturen upp till 41,3 grader under lördagen.
I början på nästa vecka väntas det bli svalare.
Enligt den tyska vädertjänsten har värmeböljor blivit både hetare och längre förekommande i Tyskland till följd av klimatförändringarna.