Paret hade nyligen besökt Uganda, men ingen av dem hade besökt Kongo-Kinshasa som är det pågående ebolautbrottets centrum, enligt det schweiziska utrikesdepartementet.
Departementet uppger att de övriga 25 anställda vid ambassaden – åtta schweiziska medborgare och 17 lokalanställda – mår bra.
Totalt har man identifierat 44 personer som varit i kontakt med den smittade kvinnan.
Enligt WHO:s siffror från den 20 oktober har epidemin hittills orsakat över 9 700 bekräftade fall, varav 4 690 dödsfall.