Kvinnan började visa symtom den 7 oktober och lades in på ett privat sjukhus i Abuja den 11 oktober där hon diagnostiserades med ebola. Uganda har tidigare rapporterat fall av ebola men senare förklarats fritt från viruset.
Hälsominister Muhammad Pate säger att myndigheterna har spårat och identifierat 44 personer som varit i kontakt med kvinnan.
Kenya meddelade i början av oktober att en person avlidit i bekräftad ebola och har nu registrerat nio fall hittills.
Ebola sprids via direktkontakt med kroppsvätskor från smittade personer. Sjukdomen kan orsaka feber, kräkningar, diarréer och – i svåra fall – blödningar på huden och i inre organ.